A Nemzeti Múzeum és a nagyszebeni Bruckenthal Múzeum után a győri Xántus János Múzeum tekinthet vissza — jogelődje révén — a legnagyobb múltra a magyar közgyűjtemények sorában. Az egykori bencés főgimnázium szemléltetés céljából létrehozott „természetrajzi szertára” az 1850-es évek végére — Rómer Flóris (1815-1889) Szent Benedek rendi tanár munkája nyomán — figyelemre méltó régiségtárrá fejlődött. A kiváló szerzetes-tanár felfigyelt a régiségek nevelő erejére, kultúrtörténeti jelentőségére. Érdeklődéssel mentette az építkezések során előbukkant leleteket, gyűjtőútjain pedig már a múzeumszervező tudatosságával derítette fel a megőrzésre érdemes tárgyi emlékeket. A szertár és régiségtár tervszerű fejlesztésének programját 1857 decemberében hirdette meg a Győri Közlönyben. Itt említette először a múzeum gondolatát. A szakmáját szerető kutató töretlen bizakodása csendült ki írásából: „Ne mondja tán valaki, ha múzeumot akarok látni, elmegyek Bécsbe vagy Pestre, és nem keresem ilyen zugintézetben. Aki így gondolkodik, uraim, az sohase menjen a győri színházba, casinóba, kereskedelmi gyűldébe se, mert ezeknél tán tekintélyesebbet is láthat a fent nevezett, és egyéb városokban is! És mégis bátorkodom állítani, hogy magyarnak és főleg győrinek érdekesebb lesz a győrit megtekinteni, − ha idővel olyan lesz, milyenné tenni akarjuk és fogjuk is — mint akár a bécsit és párizsit.” A komoly gyűjteménnyé vált gimnáziumi szertárat az illetékes „cs. és k. középponti bizottmány” 1859-ben a környékbeli régiségek „hivatalos letéti helyévé” jelölte ki. E rendelkezéssel hivatalosan is megtörtént a győri múzeum megalapítása s valóra vált Rómer vágya, hogy „Győr leend azon középpont, hol a vidéken talált régiségek mintegy egy födél alatt lesznek láthatók.” A gyűjteménye ekkor 2630 állat- és 1420 növény preparátumból, 1239 ásványból, 55 darab római régiségből és 1757 darab „pénzből” állt. A múzeumot a nyilvánosság számára 1860. május 30-án nyitották meg, s néhány nap alatt több ezer látogatója volt.

A bencés gimnázium épületében működő múzeum gyűjteményeinek gyarapodásáról az iskola évkönyve rendszeresen beszámolt, így a város közönsége nyomon követhette annak fejlődését.

Rómer „múzeumőr” utódai tanári munkájuk mellett fejlesztették tovább a gyűjteményt. Győr város és a vármegye anyagilag támogatta a régészeti feltárásokat, a gimnáziumi diákság, a települések „közönsége” pedig adományaival gazdagította az immár országos hírű intézményt. A bencés gyűjteménykezelők közül Méry Etel (1834-1883) a kézműves céhek emlékanyagának megmentésével, Börzsönyi Arnold (1856-1920) a gyűjtemény publikálásával és sikeres nemzetközi kiállításokkal írta be nevét a múzeumtörténetbe. A munkát a képzett régész, Lovas Elemér (1889-1949) a muzeális anyag rendszerezésével folytatta, amelynek eredményeként 1929-ben a gimnáziumi szertárból megalakult a Győri Bencés Rómer Flóris Múzeum.

A bencés gyűjtemény anyaga célját és szerzeményezési módját tekintve rendkívül heterogén volt. Egyszerre szolgálta Győr történetének megismerését s ezzel a helyi identitás erősítését, illetve a szélesebb horizontú, a magyar és az egyetemes történelmet is átfogó iskolai oktatást. A régiségtár univerzális jellegének kitűnően megfelelt, hogy egyszerre gyarapodott esetleges, a legkülönbözőbb típusú tárgyakat felölelő adományok és célzott gyűjtés által. A győri céhek, egyletek tárgyi emléke és a város területén folytatott ásatások leletei tökéletesen megfértek az egyiptomi múmiákkal, japán bronzpénzekkel és római mozaikszemekkel. Mindebben a XIX. századi nagy múzeumoknak az emberiség történetét átfogó, egyetemességre törő koncepcióját láthatjuk viszont.

Időközben Győr is lépéseket tett egy, a város történetét bemutató múzeum létrehozására, amely az eredeti elképzelések szerint magában foglalta volna a bencés gyűjteményt is. E törekvés azonban kudarcot vallott, és az 1938-ban létrehozott Városi Múzeum önálló, elsősorban képzőművészeti anyaggal nyitotta meg kapuit. E gyűjteményt a 2. világháború végén Nyugatra hurcolták, melynek pótlására a múzeumot újjászervező Szőke Béla (1913-1961) tervszerű ásatásokat, gyűjtőutakat folytatott. A Nyugatra szállított műkincsek 1963-ban kerültek vissza. Az új kommunista rendszer a bencés gimnázium gyűjteményét — amely a zavaros időkben jelentős veszteségeket szenvedett el — államosította, és a Városi Múzeummal egyesítve 1949-ben a Győr főterén álló egykori barokk palotában, az Apátúr-házban helyeztek el.

A múzeum 1960-ban vette fel Xántus János (1825-1894) nevét: a jeles természetkutató, utazó, etnográfus Győrben végezte tanulmányait. Változatos pályája során beutazta a világot: Észak-amerikai kalandjai megihlették Karl Mayt is, aki róla mintázta Old Shatterhand alakját. Amerikai és távol-keleti gyűjtéseiből számos darabot ajándékozott a bencés gimnáziumnak. 1866-68 között az általa alapított pesti Állatkertet igazgatta, majd 1872-1893-ig a Magyar Nemzeti Múzeum Néprajzi Tárának volt a vezetője.

A megyei múzeumhálózat 1963-as megszervezése óta a Xántus János Múzeum megyei múzeumként működik, a Győr-Moson-Sopron Megyei Múzeumok Igazgatóságának központja.

Az intézmény kiállítóhelyei az állami kezelésbe vétel óta folyamatosan bővültek. Elsőként a Római- és újkori lapidárium nyitotta meg kapuit 1957-ben a vár egykori kazamatáiban. 1963-ban a Napóleon-házban Múzeumi Képtárat hoztak létre, amely időszaki tárlatokat fogadott be. 1971-ben a főtéren felújított egykori barokk gyógyszertárban Patikamúzeum létesült. 1974 óta Kovács Margit keramikusművész állandó kiállítása tekinthető meg a Kreszta-ház emeletén. A következő évben Bélyegmúzeum nyílt az Apátúrházban. 1979-re készült el Borsos Miklós szobrászművész életművének állandó kiállítása a Káptalandombon. 1986-ban vehette birtokba a közönség a modern képzőművészeti valamint afrikai, távol-keleti és óceániai anyagból álló Patkó Imre Gyűjteményt a Vastuskós-házban.

A fenti kiállítóhelyek és ingatlanok közül a — rendszerváltás idején, 1994-ben létrejött — Városi Művészeti Múzeum többet átvett ugyan, de 2008-ban új kiállítóhellyel bővült az intézmény, amely az Otthon melege című cserépkályha-történeti állandó kiállításnak és gyűjteménynek ad otthont. Az elmúlt ötven esztendőben számos adományozó is gazdagította a múzeum gyűjteményeit. A hagyatékok közül kiemelkedik a kórházalapító Petz-, a Barkóczi-, illetve az Abád-Hauser család képző- és iparművészeti gyűjteménye. Irodalomtörténeti anyagunk legjelentősebb része a Szabó József református püspök által adományozott Madách-gyűjtemény. A múzeum őrzi számos győri származású képző- és iparművész életművének legjelentősebb darabjait is.

A Városi Múzeum, majd a Xántus János Múzeum XX. századi történetének eseményei mögött azonban kitapintható egy jelentős szemléletváltozás is. Eltűnt a bencés gyűjteményt jellemző univerzalitás. A Városi Múzeum már csak Győr múltját kívánta bemutatni és ennek megfelelően gyűjtötte anyagát s rendezte kiállításait. A Xántus János Múzeum is e helytörténeti koncepció mentén működik megalakulása óta: a profiltisztítás jellegzetes velejárója volt, hogy a bencés régiségtár egyiptomi műkincseit leválasztották a gyűjteményről és a Szépművészeti Múzeumnak adták át.

A másfélszázados jubileumot a múzeum kiállítások sora mellett egy reprezentatív albummal ünnepelte meg. A Válogatás a javából. A 150 éves Xántus János Megyei Múzeum gyűjteményei c. viselő kötet több mint 200 oldalon mutatja be az intézmény történetét és — címének megfelelően — legjelentősebb műtárgyait. Miből válogat a kötet? A helytörténeti-, iparművészeti-, irodalomtörténeti-, képzőművészeti-, néprajzi- és régészeti gyűjtemények mintegy 150.000 egyedileg leltározott tárgyából. Az albumban e hatalmas anyag értékét és sokszínűségét több mint 400 kiválasztott tárgy próbálja felvillantani. Ezek kiválasztását a gyűjteményeket kezelő muzeológusok végezték el, s ők írták a tárgyakat kísérő rövid szövegeket is.

A Xántus János Múzeum kiemelt feladata a Győr és környéke történetéhez kapcsolódó kulturális örökség gyűjtése: az album első része, mint várostörténet is forgatható. Az évezredeket átfogó régészeti leletek megidézik a Duna, Rába és a Rábca találkozásánál folyamatosan megtelepedő, egymást váltó népeket s anyagi kultúrájukat. Az elmúlt tíz évszázad kiemelkedő győri eseményei (török háborúk, 1848, II. világháborús bombázások, 1956) ugyanúgy megjelennek a tárgyak tükrében, mint a városi társadalom mindennapjai. Kiemelt szerepet kapott ebben az országos viszonylatban is számottevő céhes anyag: a pecsétek, céhládák és -korsók, -serlegek mellett a mesterremekek is helyet kaptak a válogatásban. A győri órások, kártyafestők, nyomdászok, bábsütők, kékfestők és kályhások eszközei illetve termékei az egykor virágzó kézművesipar emlékét tartják fenn. Az elmúlt években egyre több figyelem fordul a fotográfia korai szakaszából származó emlékek felé: a Skopall- és Glück-műterem hagyatékából nyújtott válogatás azonban nemcsak fényképészettörténeti értékkel bír, hanem egyben a településtörténet becses forrása is. A néprajzi tárgyak válogatása a Győr környéki parasztság tárgykultúrájába enged betekintést.

A 150 éve folyó szerzeményezés eredményeként a múzeum gyűjteményeibe számos olyan tárgy jutott, amelyek nem kapcsolódnak közvetlenül a város történetéhez. Ezek a többnyire raktárakban lévő, vagy külön gyűjteményekben helyet kapott műtárgyakból is válogatást nyújt a kötet. Ezek között ugyanúgy akadnak néprajzi tárgyak — alföldi kostökzacskó, vagy a baranyai Bagol András spanyolozott sétapálcája —, ám döntő részük a képző- és az iparművészeti kollekcióból való. A széles választék itt a felvidéki provenienciájú zsiráfzongorától Patkó Imre újságíró művészeti gyűjteményének tibeti mandalájáig terjed. A sort a könyvek zárják; bár számszerűleg ez a legkisebb gyűjteményi egység, ám ritkaságokban így is bővelkedik: Madách Imre Lant-Virágok c. 1840-ben kiadott kötetének három magyarországi példányából egy itt található.